Il est né en 1971 à Bakersfield (Californie) où son père, d'origine irlandaise, tenait un magasin de musique. Le petit Jonathan était un enfant plutôt chétif qui souffrait facilement d'asthme.
Son enfance a par ailleurs été très tourmentée, en effet très jeune il se fera violer et lorsqu'il en parlera à ses parents ils ne le croiront pas car ils pensaient que "ce genre de chose ne pouvait pas arriver à leur fils" et puis les choses ne s'arrangent guère lorsque ses parents divorcent et que son père se remarie avec une femme ignoble qui haïssait Jonathan et allait même jusqu'à le battre à coups de canne (Dans la chanson intitulée "Kill You" de l'album "Life Is Peachy", Jonathan parle de cette femme, il dit que la nuit il rêvait qu'il la tuait).
Du côté de sa mère les choses sont tout aussi horribles puisque son nouveau compagnon est un homme brutal et de surcroît catholique intégriste qui frappe souvent Jonathan lui aussi et qui ira même jusqu'à brûler ses cassettes de rock en les qualifiant de "Supôt de Satan", (La chanson nommée "Falling Away From Me" de l'album "Issues" fait référence à cet homme).
Lorsque le jeune garçon entre au collège il est plutôt timide et reservé, mal dans sa peau, de plus il aimait beaucoup l'art et les chansons romantiques et s'habillait parfois presque en fille parce que son idole était Alice Cooper et qu'il était fan de New Wave (il empruntait aussi le mascara de sa sœur pour se maquiller). Tout cela évidemment ne plaisait pas aux brutes du collège qui le rejettaient et lui faisaient eux aussi subir des brimades physiques et morales, le traitant de tapette (fag, faget) ou de sidaïque (Plusieurs chansons de KoRn font référence à cette époque et à ces rejets comme par exemple "Faget" du premier album ou "Thoughtless" d'Untouchables, par ailleurs le tatouage de Jon sur son épaule, HIV est le nom anglais du virus du Sida, référence donc aux anciennes insultes)d'apres J.D ce tatouage l'empechera de commettre plusieurs "conneries" qu'il aurrait regretter par la suite.
Au lycée Jonathan se lancera dans des études de Science Mortuaire et en parallèle apprendra à jouer plusieurs instruments, notamment de la cornemuse il fait meme parti de l'orchestre du lycée où il joue de la cornemuse et en tenue treditionnelle c'est à dire le kilt, de la batterie et de la guitare électrique,
Ayant obtenu ses diplômes il devient assistant médecin-légiste à la morgue. Au début cette expérience lui plaira car selon ses dires elle lui permettait s'assouvir les pulsions meurtières qu'il avait accumulé mais très vite les horreurs qu'il verra en découpant des cadavres le marqueront à vie. Plusieurs chansons de KoRn y font également référence ("Pretty" de l'album "Follow The Leader" où il raconte qu'il a dû charcuter le corps d'une toute petite fille de onze mois qui s'était fait violer par son père et qui en était morte et que ça l'avait dégoûté et marqué à vie, de même dans l'album "Issues" la chanson intitulée "Trash" relate une autre de ces horribles séances à la morgue, lorsqu'on lui a amené le corps d'une fille de dix ans qui se faisait battre par ses parents et qui était morte sous les coups. Jon a même déclaré lors d'une interview qu'il avait déja retrouvé un godemiché coincé dans un cadavre).
En parallèle de son travail à la morgue, Jon n'a pas renoncé à la musique et très vite il intègre un groupe de rock, "Sex Art", avec lequel il chantera jusqu'en 1992, c'est à un festival de rock qu'il rencontrera les quatre survivants de l'ex groupe LAPD qui sont à la recherche d'un nouveau chanteur, ceux ci le remarqueront et resteront scotchés devant sa prestation avec Sex Art, ils l'aborderont et lui proposeront de se joindre à eux, après quelques hésitations (il ira meme consulter une voyante) Jonathan accepetera et le nom du groupe sera changé en KoRn.
Actuellement Jonathan est marié avec une ex actrice de films pornos et il a deux fils, Nathan (qu'il a eut avec sa première femme, ils sont aujourd'hui divorcés) et Pirate né il y a très peu de temps(mars 2005) de Deven sa nouvelle épouse, Aujourd'hui il demeure le leader incontesté et charismatique du groupe qui a donné naissance au Néo Métal.
